Con una interfaz única para ti y tu equipo. Omilinx conecta tus pipelines y estructura cada resultado — sin escribir una línea de código.
El mismo resultado, sin comandos, sin rutas, sin depender de quién lo generó. Accesible para todo el equipo.
Una interfaz gráfica para gestionar análisis, muestras, servicios y proyectos — sin abrir una terminal.
Cada resultado lleva su versión de pipeline, parámetros y QC. Reproducible y auditable.
Busca muestras, genes o análisis y llega al dato en segundos, sin abrir una terminal.
Compara entre estudios, lotes y años sobre datos ya estructurados. Nada empieza de cero.
Una interfaz única que entienden bioinformáticos, microbiólogos y gestión por igual.
No sustituye tus pipelines: se conecta a ellos. El valor está en la capa de integración, no solo en la gráfica final.
Tres piezas, instalables juntas o por separado.
La capa que falta entre tus pipelines y tu equipo.
Dejo el motor listo y probado en tu infraestructura.
Pipelines de nf-core, validados con datos de control antes de producción.
El mismo pipeline, el mismo resultado. Cambia solo el perfil de ejecución.
Portátil o estación de trabajo, para desarrollo y pruebas.
Servidor propio del laboratorio, sin salir de tu red.
Clúster con SLURM, SGE o PBS y colas compartidas.
AWS, Azure o Google Cloud, con coste bajo control.
Todos de nf-core: revisados por la comunidad, con tests automáticos y versionado. Los adapto a tus datos y los dejo listos para producción.
Ensamblaje de novo de genomas bacterianos, con control de calidad y anotación. La base para cualquier análisis posterior de aislados.
Detección de genes de resistencia sobre contigs. Cruza varias herramientas y normaliza el resultado con argNorm, así los nombres de gen son comparables entre estudios.
El estándar de facto para RNA-seq. Del fastq a la matriz de conteos, con control de calidad en cada paso.
microARN y small RNA: recorte de adaptadores, cuantificación contra miRBase y detección de miARN noveles.
Perfilado taxonómico de metagenomas con varios clasificadores a la vez y salidas estandarizadas para poder compararlos.
Genómica viral de vigilancia: variantes, consenso y asignación de linaje. Usado en redes centinela durante la pandemia.
También trabajo con nf-core/mag, nf-core/bactmap, nf-core/pathogensurveillance, nf-core/sarek y nf-core/scrnaseq, entre otros. Si el tuyo no está en la lista, pregúntame.
Más de seis años desarrollando software en genómica e implementando pipelines automatizados con Nextflow. Ha participado en proyectos científicos de relevancia nacional en el Instituto de Salud Carlos III y lidera la plataforma de bioinformática de la red nacional CIBERINFEC. Omilinx nace de un problema real al que nos enfrentamos día a día: el riesgo de no explotar como merecen datos tan valiosos.
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